クレジットなどのモジュールを使用している場合、
タイミングによって受注一時テーブルのdel_flgに1を立てた後に
受注テーブルへの転記が行われる場合があるようです。
※今回は2.4系で発生

この場合、del_flgが1:削除の状態で転記されることになり、
EC-CUBEの管理画面には表示されません。

今回は、受注テーブルへの転記時に明示的にdlf_flg=0を指定することで対応しました。